佛珠是弘法最为方便的法器，所以历来大德高僧莫不巧用佛珠。在经典当中特别强调，持用不同质料的佛珠，其念诵的功德利益，也有胜劣的差异。如《佛说较量数珠功德经》中，佛告大众言：
汝等善听，我今演说受持数珠校量功德获益差别。若有诵念诸陀罗尼及佛名者，为欲自利及护他人，速求诸法得成验者，其数珠法应有如是，须当受持：若用铁为数珠者，诵掐一遍得福五倍；若用赤铜为数珠者，诵掐一遍得福十倍；若用真珠、珊瑚等为数珠者，诵掐一遍得福百倍；若用木槵子为数珠者，诵掐一遍得福千倍，若求往生诸佛净土及天宫者，应受此珠；若用莲子为数珠者，诵掐一遍得福万倍；若用因陀罗佉叉为数珠者，诵掐一遍得福百万倍；若用乌卢陀罗佉叉为数珠者，诵掐一遍得福千万倍；若用水精为数珠者，诵掐一遍得福万万倍；若用菩提子为数珠者，或用掐念，或但手持，数诵一遍其福无量，不可算数，难可校量。
此外，在《摄真实经·建立道场发愿品》卷下、《守护经》、《瑜伽念珠经》中，均以菩提子珠的功德最为殊胜。那么人们不禁要问：为什么菩提子珠具有如此大的功德呢？在《曼殊室利咒藏校量数珠功德经》里边，文殊菩萨为大众讲述了佛陀往昔因地当中的一段故事，以释群疑：
以何因缘我今偏赞用菩提子获益最胜？曼殊室利菩萨言：乃往过去有佛出世，在此树下成等正觉。时一外道，邪见坏心，毁谤三宝。彼有一男，忽被非人之所打杀。外道念言：我今邪见，未审诸佛有何神力。如来今既在此树下成等正觉，若其实圣，树应有感。即将亡子卧菩提树下，作如是言：佛树若圣，我子应苏。以经七日，诵念佛名，子乃重苏。外道欢喜赞言：诸佛有大神力我未曾见，佛成道树现此希奇甚大威德，难可思议。时诸外道闻此事已，舍邪归正，发大菩提心，信佛神力不可思议。以此因缘，世人皆号为延命树。其菩提树遂有二名：一名菩提树，二名延命树。
不管怎样说，选择一串菩提子的佛珠，在心中念诵经文、咒语或佛菩萨的圣号，可以驱除烦恼，消除报障，增加智慧，利己护人，对于帮助我们修行实在是大有裨益。
前面讲过，佛珠可分为三个种类，即持珠、佩珠、挂珠，而一般的念佛者，大多选用持珠。持珠的姿势，亦可分为二种，单手持珠与双手持。单手持珠，大多用于站立、经行的时候；而双手持珠则是打坐时经常采用的姿势。其方法是将佛珠置于两手之间，呈交叉状，把母珠放在一侧，掐捻一周，回至原处即可。其实，根据《佛像图鉴》一书记载，历来大德高僧手持佛珠的姿势皆无定法，左手、右手、单手、双手、提高、垂下、平胸、齐膝，各种动作都有，但求其“方便”而已，所以我们也就不必强求特定的持珠方法了。
在持珠的过程中，经常有人会遇到要不要跨过“佛头”(母珠)这类问题。因为在经典中曾有：
珠表菩萨之胜果，于中间绝为断漏。
绳线贯串表观音，母珠以表无量寿。
慎莫蓦过越法罪，皆由念珠积功德。
经有记载，故而才有此一说。假如念诵者，纯以佛珠作为记数的工具，则不必把母珠和隔珠计算在内，念诵时轻轻捻过便是。如是念诵的人，除了把佛珠当作精进、记数的工具外，还希望藉着它来体悟更多佛理的话，当手捏到隔珠的时候，可用“佛、法、僧”三宝，或“戒、定、慧”三学来观想，当手掐到母珠的时候，也同样可以观想佛的相好光明，同时再逆时针朝相反方向捏念，即可解决此类问题了。
佛珠除了拿在手中起念诵记数的作用以外，还可以挂在颈部充当挂珠，或缠绕在手臂上起到佩珠的作用，这些都是具有深刻含义的：
二手持珠当心上，静虑离念心专注，
本尊瑜伽心一境，皆得成就理事法。
设安顶髻或挂身，或安颈上及安臂，
所说言论成念诵，以此念诵净三业。
由安顶髻净无间，由带颈上净四重，
手持臂上除众罪，能令行人速清净。
若修真言陀罗尼，念诸如来菩萨名，
当获无量胜功德，所求胜愿皆成就。
再者，密教中由于三部(胎藏界)、五部(金刚界)修法之不同，对于佛珠也有着特殊的要求，与平时常用的佛珠相比，是有所不同的。据《苏悉地羯罗经》说：“佛部用菩提子珠，观音部用莲花子珠，金刚部用噜椰罗叉子珠。”又据《守护经》及《瑜伽念珠经》说：“佛部用菩提子珠，金刚部用金刚子珠，宝部用金等诸宝珠，莲花部用莲花子珠，羯磨部用种种和合珠。”又近人金安一居士所著《密宗辑要》一文说：“修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修坏法及长寿法用珊瑚珠，修诛法用人头骨珠，修观音法用菩提子珠，修一切法均可用凤眼菩提子珠。”
另外，密教的经典对掐捻佛珠的指法也有详细规定。从五部而言，《摄真实经》中记载：佛部以右手拇指与食指掐之，金刚部以右手拇指与中指，宝部以右手拇指与无名指，莲花部以右手拇指与小指，羯磨部以右手拇指与其余四指合捻之。从三部而言，《苏悉地经》中记载：佛部以右手拇指与其余四指的指尖相合，中指与小指直立，食指略屈附于中指中节以掐之；莲花部以拇指与中指指尖相合，舒展其余三指而掐之；金刚部以拇指与食指指尖相合，舒展其余三指而掐之。
